La Vicepresidencia del Gobierno, desde el punto de vista organizativo, se estructura en tres Secretarías Generales -Vicepresidencia, Modernización y Administración Electrónica, y Régimen Jurídico- y hace hincapié en responder al importante peso específico que el Programa de Gobierno otorga a la Modernización de la Administración, teniendo en cuenta que se trata de uno de los principales pilares de la acción del Gobierno para la presente legislatura, razón por la que se ha considerado oportuno crear una nueva Secretaría General dedicada precisamente al desarrollo y ejecución de la política en dicha materia.

La Secretaría General de la Vicepresidencia se encarga principalmente de prestar la asistencia necesaria para la coordinación del Gobierno; dirigir, impulsar y desarrollar la política en materia de autogobierno; se encarga de las relaciones con el Estado y otros entes territoriales y el proceso de transferencias que ello conlleva, además de ocuparse de la política de comunicación e información de la Vicepresidencia del Gobierno.

La Secretaría General de Modernización y Administración Electrónica, estableciendo un salto cualitativo respecto a las anteriores legislaturas, se encarga de dirigir el proceso de mejora y modernización de la Administración,  y asume la gestión y ejecución de aquellos proyectos que, como la administración electrónica, ofrezcan soporte a una atención centralizada y multicanal a la ciudadanía.

La Secretaría General de Régimen Jurídico, se configura como Centro Superior Consultivo de la Administración en el que se encuadran los servicios jurídicos centrales del Gobierno. Entre otras funciones, le corresponderá el control normativo interno y la representación y defensa en juicio de la Administración. Asimismo, queda adscrita en su seno la Comisión Jurídica Asesora de Euskadi y, por último se ocupa del desarrollo de las funciones en materia de Administración Local y régimen de la organización y procedimiento de las Administraciones Públicas Vascas.